Goomarina es una Goomba y la primera que se une al grupo de Mario después de ser rescatada por el fontanero en una trifurca con Peke-X. Es alumna aventajada de arqueología del profesor Goomez a quien le recomienda visitar. Lleva un casco de minero, y es admiradora de Mario. Como es muy lista le informa de donde está en cada momento e incluso qué hay que hacer, también posee una gran sabiduría popular por lo que conoce y puede contarte cosas acerca de la gente que se encuentren por el camino, al igual que hacía Goombario en Paper Mario. En el combate atacará con cabezazos y multicabezazos, podrá describir a los enemigos para conocer sus habilidades, y usar el beso de ánimo. Al final del juego ella le confiesa que quiere a Mario.

Claudia es un espíritu de nube, con aspecto de cantante de ópera y con predilección por el bigote de Mario, le llama Pichoncito. Ansía volver a los escenarios y acompañará a Mario para conocer mundo. Era una gran actriz, tan famosa que no existía nadie que no hubiera oído hablar de ella. Pero el brillo del glamour oculta la sordidez de un mundo oscuro, algo realmente despreciable, ella no encajaba allí y por eso se fue a vivir en el Bosque Maravilloso, con los Punis. Su poder consiste en soplar, es útil para mover algunos objetos, y sobre todo para revelar secretos en el escenario. En el combate se arrojará directamente, en toda su plenitud, contra los enemigos, con su Placaje, o bien causará un Vendaval, un Achuchón o una Cortina Humor. En la versión anglosajona Flurrie significa ráfaga, un nombre ideal para este personaje.

Un yoshi recién nacido con cara de pocos amigos y con una vistosa cresta. Iba a convertirse en aderezo especial para perritos calientes en Ciudad Dojo. Por suerte Mario lo libera de tan terrible destino. Este personaje se puede personalizar en dos aspectos, uno es el nombre y el otro es el color, cualquier color habitual de los yoshis. Mario puede montar en el yoshi para ir más rápido por el mapa, como es muy joven aún al pobre le cuesta pero va muy rápido. También puede revolotear en un corto espacio de tiempo, pero es fundamental para avanzar en ciertas áreas. En el combate yoshi planea sobre las cabezas de los enemigos para luego arrojarse sobre ellos con su golpe Cadera, hace poco daño pero lo hace varias veces. También puede engullir al enemigo, lo que permite penetrar la defensa, arrojar huevos reductores y realizar una estampida.

El color del Yoshi está determinado por el tiempo que transcurre entre que el huevo se une al equipo de Mario en el puesto de perritos calientes y Mario conoce al recién nacid después de derrotar a los hermanos tachuela. El huevo empieza con un Yoshi de color verde dentro y cambia de color cada ciertos minutos. Si se tarda más de veinte minutos en conocer a Yoshi el ciclo se reinicia. El color no afecta en absoluto en la fuerza del bebé.

Bibiana es un brujo (sí, es un chico) que conforma "el trío de las sombras" formado por Piruja, Maruja y él. Se une a Mario en el Templo Lúgubre después de que Rumpel le robase su identidad. A Bibiana siempre le echaba la bronca su hermana mayor, sin motivo, y la castigaban mucho y de forma cruel por lo que ha cogido complejo de inferioridad. Como Mario la trata muy bien y la ayuda decide unirse a su grupo. Bibiana puede agarrar a Mario e introducirle debajo del suelo, por lo cual pasan desapercibidos para los enemigos. En el combate puede transportarse y propinar un buen puñetazo a los enemigos con su Golpe Sombra, además los dejará ardiendo algunos turnos. Podrá proteger a Mario con la habilidad transparencia, y usar ataques como Llamarada y Embelesamiento.

Bombard es un viejo Bomb-Ombs marinero, con timón incorporado y todo. Su pasado es una historia bastante lacrimógena, estuvo surcando los mares cuando su esposa falleció y por ello nunca más quiso volver a navegar. Se unirá a la aventura de Mario como timonel del barco El Temido en la aventura hacia Isla Trópico, pero costará convencerle, sólo una carta de su difunta esposa le hará cambiar de opinión. Posteriormente se unirá al grupo de forma definitiva. Bombard hace lo que mejor saben hacer los Bomb-Ombs, ¡Explotar!. Su explosión sirve para abrir paredes agrietadas o para pulsar interruptores y durante el combate eso provocará un enorme daño a los enemigos. Sus ataques son: Bomba, bomba tiempo, mina y gran explosión. Lo curioso es que por mucho que explota a él nunca le ocurre nada, habría que ver de qué material están hechos.

Lupina se cruza en varias ocasiones en el camino de Mario antes de que se una al grupo. Es una ratona ladrona, especialista en robar medallas, casualmente también es la dueña de la tienda de medallas que hay en Villa Viciosa. Lupina tiene muy buen olfato para los tesoros, si en la aventura empieza a olisquear, eso es que hay un tesoro cerca, una pieza estrella. Durante el combate Lupina da unos cuantos bofetones a sus enemigos, con la Bofetada del Amor, aunque también dispone de otros ataques como: Beso Furtivo, Confusión y Beso Cariñoso. El único compañero opcional, no es necesario para acabar el juego. Ella se unirá a ti si le entregas una medalla que olvidó en el Castillo de Gombaba. Existe un ratón, dentro del bar de Villa Viciosa que está enamorado de ella.

El Trío de las Sombras es un grupo de tres grupo está formado en un inicio Piruja (Beldam), que es la líder de los tres, Maruja (Marlyn), que se limita a decir "Vaaaaya" y Bibiana (Vivian). Sirven a Xenon y legión Mega-X y siguen a Mario y sus compañeros en su búsqueda de los cristales estelares para arrevatarles el mapa del tesoro. Posiblemente nacieron en Villa Sombría. Bibiana en un principio llama a su grupo "Las hermanas sombra" pero solo hay un detalle que se le escapa: ella, o mejor dicho él, es un hombre. Al irse Bibiana con Mario, se les une al trío un nuevo miembro: Rumpel (Doopliss) en sustitución. Piruja se especializa en ataques de hielo y de apoyo, Maruja en eléctricos y físicos, Bibiana en ataques de fuego y Rumpel en dar cabezazos y copiar la forma y habilidades de Mario y sus ayudantes (Activos).

El profesor Goomez es el antiguo profesor de arqueología de Goombarina y el arqueólogo Kolorado en la universidad. Él será el guía de Mario y su equipo para recolectar los cristales estelares y hacerles conocedores de la leyenda de éstos y la puerta milenaria. Porta unas gafas similares a las del Professor Elvin Gadd e Iggy Koopa.