Tras mucho tiempo de desaparición entre las sombras Bowser hizo acto de presencia. En esta ocasión acompañado de los siete Koopa Kids, también conocidos como Koopalings. y, a menudo, considerados hijos de Bowser (algo de lo que no hay constancia real), están ayudando al rey Koopa a tomar el control del Reino Champiñón. Cada uno de ellos tenía su barco mágico, unas enormes naves que navegaban por el espacio y transportaban las tropas de koopas y un sin fin de armamento. El reino está dividido en muchas tierras, cada una de ellas regentada por un rey, y los Koopa Kids se habían apoderado de las varitas mágicas que les otorgaban a los reyes el poder de gobernar en esas tierras. Con las varitas mágicas en su poder y la princesa Peach secuestrada tomar el control total del Reino Champiñón era una tarea aparentemente sencilla. Mientras Bowser permanecía en el Mundo Oscuro.

No obstante, Mario y Luigi se pusieron en marcha para detener sus planes derrotando al mismísimo Bowser y a todos sus secuaces. Mario y Luigi descubrieron nuevos poderes tales como volar usando el traje mapache, nadar con facilidad vistiendo un traje de rana, poder arrojar martillos usando el traje de los hermanos martillos e incluso convertirse en estatuas usando un traje de Tanooki. Mario y Luigi terminaron venciendo a cada uno de los hijos de Bowser en sus respectivas fortalezas aéreas, pero al llegar a la séptima, la Princesa Peach es raptada por lo que deben atravesar el Mundo Oscuro, llegar al temeroso Castillo de Bowser, y derrotarlo para rescatarla.

Mientras Mario estaba ocupado intentando salvar a Daisy en el Reino de Sarasland, un celoso compañero suyo de la niñez, llamado Wario y que se convirtió en un temible villano, tomó su castillo situado en una isla a la que llamaron Mario Land. (sí, Mario poseía un castillo dados los servicios prestados al reino repetidas veces, o bueno, en realidad poseía tierras enteras, aunque ése es otro cantar).

Para complicar las cosas, el malvado Wario colocó seis monedas en la puerta de su recién adquirido castillo, seis monedas que servirían de llave para entrar al mismo. Tras esto, dio una moneda a cada uno de sus seis vasallos para que las protegieran con su vida si fuese necesario que estaban ubicados en diversos lugares de la isla.

Cuando Mario volvió asumió la situación en que se encontraba y se puso manos a la obra en pos de recuperar lo que es suyo. Para esto debía derrotar a los seis vasallos de su némesis, llevar las monedas al castillo para abrir la puerta y, en última instancia, derrotar a Wario y expulsarlo de Mario Land.

Poco después Luigi se retiró a la Isla de Sarasaland a visitar a Daisy, Mario y la Princesa por su parte permanecieron en el Mushroom Kingdom.

Un día, Bowser apareció de la nada capturando en su Clown Copter a la Princesa Toadstool. Mario corrió a rescatar a la Princesa e irrumpió en el castillo de Bowser. Nuestro héroe una vez dentro de la fortificación se enconctró con guardias que impedían su objetivo teniendo que enfrentarse a ellos. Al encontrar a Bowser, Mario le desafíó sobre unos candelabros, mientras la princesa, amarrada por una cuerda, le gritaba que destruyera la cadena para que Bowser cayera junto con la lámpara. Mario lo consiguió tras lo cual se inició un temblor. Simultáneamente del cielo se vio una espada bajar, con siete estrellas a su alrededor, sobre el castillo de Bowser provocando que todos salieran disparados a diferentes lugares. Mario voló por los aires hasta la casa de un Toad. Conversó un poco con él y volvió a la fortaleza de Bowser, donde una espada gigante llamada Exor le contó que el castillo había sido tomado por la pandilla de Smythy. Exor, a continuación provocó una especie de seismo que destruyó el puente que conecta el castillo con el resto del mundo, por lo que Mario decidió regresar a la casa del Toad, para explicarle lo que pasó y luego debía ir al Mushroom Kingdom para contarle lo sucedido y asegurarle al canciller que èl se encargaría de encontrar a la princesa.

Smithy, obsesionado con dominar el Mundo, capturó el castillo de Peach. Mario tuvo que recobrar las piezas siete piezas estrella esparcidas por el Reino Champiñón para reparar el Camino Estelar, esta vez ayudado por unos nuevos amigos llamados Mallow y Geno, la Princesa Peach y Bowser Koopa que desesperado por recobrar lo que es suyo, por primera vez y casi única se unió a Mario. Tras grandes esfuerzos derrotaron a Smithy y encontraton todas las piezas de la Estrella de Camino, y la reconstruyen