Modelo tridimensional de proteínas:
1. Escoger una proteína (cualquier proteína que les interese o les llame la atención.
2. Buscar la estructura primaria de esta proteína en el motor de búsqueda "Entrez".
2.1. En la página de Entrez, teclear el nombre de la proteína en inglés en la ventana de búsqueda y proceder a buscarla.
2.2. Buscar en las referencias encontradas, la estructura primaria de la proteína; ésta aparece al final de la página de cada registro.
3. Marcar con el cursor el texto de la estructura primaria de la proteína.
4. "Copiar" el texto marcado.
5. Abrir la página del servidor PredictProtein.
6. Seleccionar el análisis básico de estructura secundaria de proteínas.
7. Llenar el formato correspondiente a académicos (no comerciales). Requieren tener una dirección de correo electrónico a la cual les puedan enviar el resultado del análisis.
8. "Pegar" el texto "copiado" del registro de Entrez en la ventana correspondiente a secuencia o estructura primaria.
9. Enviar o "submit" la estructura para su análisis en el servidor.
10. Al día siguiente, revisar su buzón de correo electrónico para confirmar la recepción del análisis de la proteína.
11. Con los datos contenidos en el análisis estructural, proceder a armar un modelo tridimensional y a escala de la estructura terciaria de la proteína elegida. El modelo se puede armar con alambre de cobre o de "magneto" del No. 16 al 18, utilizando una regla graduada o escalímetro para medir las distancias interatómicas y un transportador para medir los ángulos de los enlaces. Los parámetros de distancia y ángulos de enlace se toman de cualquier libro de bioquímica. Sólo se incluye la estructura terciaria del esqueleto peptídico; no se requieren los grupos radicales de cada aminoácido, salvo para considerar las atracciones o repulsiones existentes entre los radicales que den estructura y estabilidad a la proteína, como fuerzas hidrofóbicas, interacciones iónicas, fuerzas dipolo-dipolo, puentes hidrógeno y disulfuro, etc.
Se debe acompañar el modelo con un reporte breve de la metodología empleada para elaborar el modelo, así como las principales observaciones sobre este trabajo.
Para cualquier duda deben comunicarse por correo electrónico o por teléfono con el profesor.
Raúl Alva.