El que nos relata la historia es Kyosuke Kasuga, que también es el protagonista masculino; Kyosuke vive con su padre, Takashi Kasuga, que es un respetado fotógrafo, con sus dos hermanas: Kurumi y Manami (las cuales son gemelas), y un gato llamado Jigoro. La madre de Kyosuke murió al dar a luz a sus hermanas, sin embargo, tanto Kyosuke como sus hermanas heredaron de ella extrañas facultades, es capaz de teletransportarse, mover objetos y tiene sueños premonitorios, aparte de la curiosa habilidad de himnotizarse a si mismo. Son estos poderes los causantes de que tengan que mudarse de ciudad ya que temen no ser comprendidos por el resto de las personas.
La historia comienza con la llegada de la familia Kasuga a una nueva ciudad. Kyosuke se encamina hacia su nuevo apartamento contando los escalones que hay en una escalinata situada en el parque frente a su nuevo hogar. Al llegar al final atrapa un sombrero de paja rojo llevado por el viento y así conoce a su propietaria, Madoka Ayukawa, con la que discute sobre el número de escalones (él 100 y ella 99) al final, con una sonrisa acuerdan que tiene 99 y medio.
Al día siguiente, en su primera jornada escolar conocen a Seiji Komatsu, a Kazuya Hatta (dos jóvenes bastante perturbados) y a una jovencita llamada Hikaru Hiyama, la cual es toda alearía y espontaneidad, ella se enamora profundamente de su "sempai", Kyosuke. No ve o no quiere ver que Kyosuke esta enamorado de Madoka. Hikaru adopta a Kyosuke como su novio y como Kyosuke no tiene el valor suficiente para decirle que no la ama, las cosas se van complicando episodio a episodio a medida de que Madoka y Kyosuke se dan cuenta de que se aman mutuamente. Desgraciada mente, ninguno de los dos le dice a Hikaru que su relación con Kyosuke debe terminar: Kyosuke porque es un cobarde y Madoka porque no quiere romper el fuerte lazo de amistad que la une con Hikaru.

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